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審定:無
翻譯:吳克銘(簡介並寄信)
編輯:劉秋枝(簡介並寄信)



課程單元
1 概論1:課程概論及計算生物學計算方面的簡介。為何使用Perl及Mathematica? 撰寫並執行簡單的命令腳本。我們也會指定課程談論生物學、計算機學及進階主題。繳交問卷。
Intro 1: Course overview and introduction to the computational side of computational biology. Why use Perl & Mathematica? Write and run simple scripts. We will also assign sections addressing Biology, computing, and advanced topics. Questionaires due.
2 概論2:計算生物學的生物方面。中心信條、比較基因體學、模型與現實世界的應用。
Intro 2: Biological Side of Computational Biology; Central Dogma; Comparative Genomics; Models & Real World Applications.
備註:請攜帶你對問題集1的初始觀察結果到你的第一次課程討論會議(即檢查你真的已經開始接觸Perl及Mathematica)。
Note: Please take your initial observations about Problem Set#1 to you first section meetings (i.e. check that you actually have access to Perl & Mathematica).
3 DNA 1:基因體定序、多型性、族群、統計學、藥理基因體學、資料庫。
DNA 1: Genome Sequencing, Polymorphisms, Populations, Statistics, Pharmacogenomics; Databases.
備註:課程開始時繳交問題集1作業 (答案將在48小後公佈)。
Note: Problem Set #1 is due at the start of class. (Answers will be posted 48 hrs later.)
4 DNA 2:動態規劃法、基本局部序列排比搜尋工具、多序列排比、隱藏式馬可夫模型。
DNA 2: Dynamic Programming, Blast, Multi-alignment, HiddenMarkovModels.
5 RNA 1:微陣列、序列庫定序與定量概念。
RNA 1: Microarrays, Library Sequencing and Quantitation Concepts.
備註:繳交問題集2作業。
Note: Problem Set #2 is due.
6 RNA 2:使用基因或狀態及其他調控單元資料來源做常態化的叢集方法、核酸模體、生物證據的本質。
RNA 2: Clustering by Gene or Condition and Other Regulon Data Sources Nucleic Acid Motifs; The Nature of Biological "proofs."
7 蛋白質1:三度空間結構基因體學、同源相似性、催化與調節的動力學、功能與藥物設計。
Proteins 1: 3D Structural Genomics, Homology, Catalytic and Regulatory Dynamics, Function & Drug Design.
8 蛋白質2:質譜儀、合成後的修飾、蛋白質的定量、新陳代謝產物、交互作用。
Proteins 2: Mass Spectrometry, Post-synthetic Modifications, Quantitation of Proteins, Metabolites, & Interactions.
9 網絡1:系統生物學、新陳代謝動力及流體平衡最佳化方法。
Networks 1: Systems Biology, Metabolic Kinetic & Flux Balance Optimization Methods.
備註:繳交問題集4作業。(問題集5將會公佈但直到第14堂課時才繳交。)
Note: Problem Set #4 is due. (#5 will be available but not due until lecture 14.)
10 網絡2:分子計算、自行組裝、遺傳演算法、神經網路。
Networks 2: Molecular Computing, Self-assembly, Genetic Algorithms, Neural Networks.
11 網絡3:計算生物學的未來:細胞的、發育的、社會的、生態的及商業的模型。
Networks 3: The Future of Computational Biology: Cellular, Developmental, Social, Ecological & Commercial Models.
12 計畫提交與呈現;繳交所有寫好的計畫報告以及呈現用的投影片。
Project Presentations; All written project reports and overhead slides (for presentations) due.
13 計畫提交與呈現。
Project Presentations.
14 計畫提交與呈現;繳交問題集5
Project Presentations; Problem Set #5 due.

 
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